Parece que você tem dois discos no sistema. O Windows pode estar instalando os arquivos de inicialização no disco antigo. Após a instalação, você está alterando as configurações do BIOS para Inicializar no novo disco? Em caso afirmativo, isso é um problema se os arquivos de inicialização foram instalados na unidade antiga.
Se você tentar inicializar a partir da unidade antiga, poderá encontrar 2 itens de menu, um para a unidade antiga e outro para a nova.
Se você estiver instalando a partir do USB, remova / desconecte a unidade antiga e instale-a na nova unidade. Uma vez que está inicializando OK, você pode inicializar em qualquer disco alterando as configurações do BIOS.