Essa pergunta não pode ser respondida definitivamente - o acionamento e o desligamento de discos sobrecarregam os discos, mas isso evita o desgaste, portanto, depende das fraquezas / desvantagens no design e na fabricação do disco.
Dependendo do que está sendo copiado, montá-lo somente quando necessário pode fornecer uma pequena quantidade de proteção contra malware, já que o malware provavelmente não saberá montar o disco se ele não estiver presente - isto é, se for um sistema Linux a ameaça é minúscula de qualquer maneira.