Não consegui fazer isso apenas com rsync, mas sim com uma combinação para find e rsync. Primeiro, criei um instantâneo do diretório de conteúdo ao fazer
find A/ -type l -exec readlink {} \;
Em seguida, criei um diretório content.snapshot onde criei um link simbólico apontando para o arquivo em conteúdo no diretório content.snapshot para cada um dos arquivos retornados pelo comando find.
Finalmente, eu rsynced o diretório content.snapshot em vez do diretório de conteúdo. Ativando a exclusão de arquivos e o link seguindo no comando rsync.
A estrutura do diretório é assim:
contents/
--file1.txt
--file2.txt
--file3.txt
--file4.txt
contents.snapshot/
--contents/
--file1.txt -> ../../contents/file1.txt
--file3.txt -> ../../contents/file3.txt