1) A maneira usual de fazer isso (ou pelo menos como eu faço isso) se você não tem certeza de que vai funcionar sem erros é fazer todas as etapas separadamente, e apenas olhar as mensagens do terminal.
Então, faça configure , assista a reclamar sobre bibliotecas ausentes, instale pacotes para as bibliotecas ausentes, execute configure novamente etc. até obter sucesso. Em seguida, execute make , corrija os erros nos arquivos de origem, se necessário (esperamos que não). Finalmente, faça make install , se necessário como root.
Redirecionar o erro padrão nos arquivos de log soa desnecessariamente complicado, geralmente você verá o problema imediatamente. E o terminal pode ser rolado para cima. Eu ainda não me deparei com um problema em que eu precise fazer isso, embora ocasionalmente eu tenha olhado para o log verboso que o configure produz por si próprio (porque ele contém os programas de teste que ele tenta compilar) se eu pudesse t descobrir exatamente o que estava errado na mensagem de erro.
2) Eu não acho que haja uma maneira de encontrar padrões. Você pode ver configure.in , Makefile.am etc. para ter uma ideia do que faz se uma determinada opção não estiver clara. Com qual opção você tem problemas?
3) Em geral, para softwares auto-compilados, eu recomendo instalá-los em /usr/local usando stow , como descrito, e. aqui . A instalação em subdiretórios de $HOME só funcionará se você não estiver instalando nenhuma biblioteca ou outro material que já tenha sido encontrado em /usr/local pela maioria das partes do sistema, porque os caminhos de busca para isso existem por padrão.
Infelizmente, todos os softwares lidam com a instalação de forma um pouco diferente, mesmo com o autotools, então não sei por que ele não foi instalado no diretório --prefix . Quais foram as mensagens que você recebeu após digitar make install ? Eles geralmente dizem onde tenta instalar tudo. Às vezes, partes ou todos os arquivos ignoram os vários prefixos e são instalados em algum outro lugar, portanto, você precisa alterar Makefile.am etc. para que ele funcione corretamente.