O único trabalho que eu conheço seria criar um pequeno script de shell contendo seu código e permitir que o usuário / bot execute o script.
sudo cd /var/www/path/to/app && php whatever.php --some args
não funcionará porque são dois comandos e o sudo permite que você execute um. mas se você colocar isso em um pequeno script (digamos /var/www/scripts/something/script.sh):
#!/bin/bash
cd /var/www/path/to/app && php whatever.php --some args
Você pode executá-lo usando
sudo /var/www/scripts/something/script.sh