O GitHub Desktop parece ser um aplicativo de 32 bits. À medida que você o executa em um sistema de 64 bits, o Windows altera determinados caminhos e variáveis de ambiente em segundo plano usando redirecionamento do sistema de arquivos . Isto também acontece, e. para o registro. Ambos são feitos para que o aplicativo de 32 bits encontre os arquivos necessários nos locais apropriados.
Assim, enquanto um aplicativo de 64 bits que inicia C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\powershell.exe inicia um PowerShell de 64 bits, um aplicativo de 32 bits inicia um PowerShell de 32 bits. Se você for em frente, verifique a questão "Como para iniciar o powershell de 64 bits a partir do cmd.exe de 32 bits? " você descobrirá que deve poder usar um caminho que faça referência a sysnative em vez de system32 para iniciar um aplicativo de 64 bits de um aplicativo de 32 bits. Então você faria referência:
%SystemRoot%\sysnative\WindowsPowerShell\v1.0\powershell.exe
Isso não está funcionando para mim no Windows 7 de 64 bits, embora deva estar disponível para sistemas desde o Vista.
Este artigo parece ter um pouco mais de informação sobre a coisa toda e este artigo , mais algumas informações detalhadas sobre os efeitos colaterais se você optar por desabilitar o redirecionamento.