Existem muitas práticas que podem ser aplicadas:
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Tenha algum monitoramento antimalware - que detectará muitos deles
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Forneça aos usuários contas de usuários, não contas de administrador, que impedirão que muitos vírus obtenham acesso suficiente.
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Tenha um sistema para verificar o CRC em arquivos importantes do .exe. Você pode até mesmo estender isso para receber alertas quando um arquivo .exe for alterado.
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Usuários de tecnologia não clicam em tudo que veem.