Eu não tenho ideia do que causa isso, mas adicionar uma seção vazia para "recarregar" a contagem de seções parece funcionar:
<h1>Summary</h1>
<ol>
<li>numbered</li>
<li>items.</li>
</ol><h1></h1>
<h1>Stuff</h1>
<h1>Stuff2</h1>
Nota:Este<h1>
vazionãoperturbaanumeraçãodassubseções.Istoé,se"Coisas" for um <h2>
, obtém o número correto 1.1.