Eu tive o mesmo problema com o acwebsecagent no laptop da empresa. Em algumas condições incertas (nem sempre!), Ele continua acordando o computador 2 minutos após a hibernação.
Como é o timer de ativação do conjunto de aplicativos, e o AnyConnect não parece permitir alterá-lo em sua configuração, eu diria que não podemos desabilitar o timer. No entanto, eu era capaz de torná-lo ignorado pela desabilitação de temporizadores de despertar em opções avançadas de esquema de energia (estranhamente, no meu caso, foi ativado quando na bateria, mas não no AC).
Veja a captura de tela neste answer .
Ainda assim, não tenho certeza se isso pode ser anulado de alguma forma, por exemplo. pelo GPO. Então eu criaria uma tarefa agendada para fazer isso por mim usando o comando powercfg.