Outra abordagem é usar Formatação Composta ou Interpolação de Cadeia para fazer o "preenchimento zero" para você.
int[] array = new int[1000]; //create an array
Random randNum = new Random(); //create an instance of random Number
StringBuilder sb = new StringBuilder();
for (int i = 0; i < array.Length; i++) //Generate random array
{
int r = randNum.Next(0, 1000);
sb.Append($"{r:0000},");
}
SetupLabel.Text = sb.ToString();
O ": 0000" significa preencher o valor com pelo menos 4 zeros