Minha opinião é que, se o usuário existir no sistema, talvez tenha algum uso. Então, em vez de alterar cegamente os shells, eu verifico quais serviços dependem de um usuário específico e se o usuário desempenha alguma função real no sistema.
Se você olhar para o arquivo /etc/shadow
(suponho que esteja usando a senha shadow), talvez perceba que a maioria dessas contas está desabilitada (o campo de senha é definido como '0', por exemplo).
Para aqueles que estão realmente habilitados, eu removo o serviço se não precisar dele no servidor (por exemplo: ftp) ou desabilito o usuário completamente. Você pode consultar essa pergunta para obter mais informações sobre como desabilitar uma conta de usuário corretamente.