Você basicamente explicou o problema. Seus drivers USB não estão funcionando porque os drivers não foram instalados e, como tal, suas portas USB não funcionam.
Usar o PS / 2 para USB permitirá que você corrija o problema, mas como as portas USB3.0 não funcionam no Ubuntu, isso me faz pensar se você talvez tenha configurado as portas USB para um estado 2.0 através do BIOS (suporte USB legado) ao usar drivers especificamente para portas USB 3.0.
Seu Ubuntu então se deparará com o mesmo problema. Tem drivers para suporte a USB 3.0, mas o BIOS não está fornecendo.
Com o PS / 2 para USB, você poderá desinstalar os drivers no Windows e permitir que o Windows instale os drivers antigos, o que provavelmente fará com que funcione como portas USB 2.0.