Então, depois de muitas semanas e muitas soluções em potencial, consegui recuperar os dados montando o RAID dentro do Debian e copiando para uma nova unidade. Isso continuava falhando e exigindo que o sistema fosse reiniciado e o array remontado com o mdadm.
Após recuperar os dados, o sistema foi reconstruído com um disco rígido novo em uma configuração não-RAID. A instabilidade permaneceu, quebrando aleatoriamente e durante qualquer período intensivo de leitura / gravação. Disso deduzi que ocorreu uma falha com o controlador sata no chipset. Infelizmente, a única solução que encontrei foi substituir a placa-mãe e aproveitei a oportunidade para atualizar o sistema e iniciar uma nova versão.
TLDR: Problema ainda não resolvido, todo o sistema substituído, portanto, não há mais atualizações ou soluções.