Depende do seu caso de uso, na verdade. A saída "arquivos binários são diferentes" geralmente é mais útil do que ver a diferença exata, mas às vezes você quer a diferença precisa e exata entre dois arquivos binários; e, às vezes, você quer ignorar as heurísticas que decidem se um arquivo é ou não binário (um arquivo com texto em alguma codificação desconhecida pode acionar a heurística "é um binário" quando não deveria, por exemplo).