Consegui superar esse problema limpando todo o conteúdo do meu diretório / home depois de fazer backup dele.
rm -rf /home/*
rm -rf /home.* 2>/dev/null
Eu fiz isso como parte da etapa 2 acima. De informações de depuração, vim a saber que o passo 2 estava falhando com erro rm falhou por causa de "diretório não vazio". Uma vez depois de deletar seu conteúdo com os comandos acima, consegui deletá-lo e recriar um novo. Daí em diante, não vejo erro acima.