Finalmente, encontrei a solução. Não sei se funcionaria com ativos estáticos, provavelmente não, mas esse não era o meu caso. Sinta-se à vontade para embelezar e simplificar esse código, pois estou ciente de que ele parece um pouco feio, mas está funcionando perfeitamente.
location ~ /notification {
set $new_request_uri /;
if ($request_uri ~ ^/notification(.+)$) {
set $new_request_uri $1;
}
if ($request_uri ~ ^/notification\?(.+)$) {
set $new_request_uri /?$1;
}
set $new_document_uri /;
if ($document_uri ~ ^/notification(.+)$) {
set $new_document_uri $1;
}
fastcgi_pass wolnosciowiec_notification:9000;
fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.*)$;
include fastcgi_params;
fastcgi_param REQUEST_URI $new_request_uri;
fastcgi_param DOCUMENT_URI $new_document_uri;
fastcgi_param SCRIPT_NAME /www/notification/web/app.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /www/notification/web/app.php;
fastcgi_param DOCUMENT_ROOT /www/notification/web;
fastcgi_param HTTPS on;
}