Ok, encontrei uma solução, embora uma espécie de maneira indireta de fazê-lo.
Primeiro eu peguei meus dados do File1 e os coloquei em uma planilha do Excel e organizei para que uma linha usasse uma linha.Depois fiz o mesmo para os dados do Arquivo2, mas coloquei na segunda coluna.
Em seguida, selecionei minhas duas linhas de dados, copiei-as e colei-as no arquivo 3.
Para o meu caso específico, tive que fazer uma regex para localizar e substituir /t
para remover espaços de tabulação extras que foram adicionados.
Eu ainda gostaria de saber se o notepad ++ tem a capacidade de fazer o que eu quero. Em vez de ter que usar uma planilha de excel bobo.