O áudio MP3 não é oficialmente suportado em arquivos MP4, portanto, o Quicktime não o reproduz. O fluxo de vídeo não entra nele. Saída para MOV irá contornar isso, assim como jogar o MP4 em outros jogadores. A conversão para o AAC também funcionará para o QT.
Você pode adicionar -flags +global_header
para adicionar isso ao fluxo de áudio.