O particionamento GPT (o que você chama de GUID) é mais recente e possui alguns recursos que o tornam melhor do que o particionamento do MS-DOS (o que você chama de MBR). Por exemplo, você precisará de discos maiores que 2 TiB. Mas nem todos os sistemas operacionais o reconhecem (especialmente o SO mais antigo, como o Windows XP, mas as distros linux de alguns anos atrás também), e o mesmo vale para utilitários soem, então usar o particionamento do MS-DOS é melhor se você não o fizer saber de antemão quais computadores você precisa se conectar ou quais aplicativos você vai usar.
Da mesma forma, quando você precisar trocar dados com usuários do Windows ou Mac OS X, às vezes, é melhor usar o NTFS ou mesmo o FAT32. Pessoalmente eu resolvo isso tendo várias partições no meu disco portátil. Dessa forma eu posso usar a partição FAT32 para quando eu precisar trocar arquivos, e a partição ext3 / 4 para "uso pessoal". Se você só usá-los como armazenamento para sistemas Ubuntu, sugiro que você use um sistema de arquivos linux (por exemplo, ext3 / 4), porque será mais rápido & mais estável.