Algumas coisas podem causar isso.
1) Caracteres não imprimíveis em seus dados. Para verificar isso, direcione a saída para um arquivo de texto e abra esse arquivo em um editor de texto que mostre os códigos hexadecimais. A remoção de caracteres não imprimíveis no SQL é abordada em muitas perguntas do StackExchange. Exemplo de pergunta e solução .
2) O Excel está lembrando o comportamento ou a formatação do passado e aplicando-o aos dados atuais. Para corrigir isso, feche todas as instâncias do Excel e comece de novo.
EDIT com base no comentário:
Para remover o CRLF extra, tente algo assim:
Declare @CR as Varchar
Declare @LF as Varchar
Declare @CRLF as Varchar(2)
Set @CR = CONVERT(VARCHAR, CONVERT(VARBINARY, '0x0D', 1))
Set @LF = CONVERT(VARCHAR, CONVERT(VARBINARY, '0x0A', 1))
Set @CRLF = @CR + @LF
Select Replace(Columnname, @CRLF, '')
Isso é limitado apenas ao CRLF. Se seus dados tiverem mais caracteres hexadecimais, você precisará de algo mais robusto.