Além das propriedades de cor RGB (Vermelho-Verde-Azul), os arquivos PNG podem conter mais uma propriedade - canal alfa que mantém informações sobre transparência. Por exemplo, se você desenhar em GIMP círculo preto sólido em fundo branco, então, independentemente de onde você colocar essa imagem em cima de qualquer outra - fundo de preto o círculo ainda será o mesmo - branco, mas se você escolher um plano de fundo transparente em vez de branco, quando você misturar com outras imagens - o único círculo preto será constante, o fundo será preenchido com imagem mista. A transparência pode ser ajustada como uma necessidade, alterando a opacidade.
Então, a pintura do Windows avisa que após a edição você perderá o canal alfa (transparência).