Eu não acho que qualquer servidor FTP pronto permitirá que você faça essa configuração específica.
Você teria que implementar seu próprio servidor FTP.
Se o SFTP estiver ok (eu o recomendaria via FTP), o projeto do servidor SFTP Apache Mina foi desenvolvido parte superior de uma API do sistema de arquivos virtual, que permitirá que você crie de forma relativamente fácil um sistema de arquivos que corresponda aos seus requisitos.