Em primeiro lugar, o ntpdate é depreciado , portanto você não deve usá-lo em um ambiente de produção agora. Você deve configurar e executar o daemon ntp corretamente configurado, em vez de uma configuração de temporização confiável e remover as chances de que você pule a hora do servidor (já que o ntp ajustará continuamente o relógio conforme necessário)
Como você viu o problema em apenas usar o pool é que você pode obter qualquer servidor que ele decida com base na consulta dns, em sua situação você deve escolher 3 - 5 servidores de baixo estrato diretamente e adicioná-los à sua configuração em ambos máquinas. O ntp gosta de ter um mínimo de 3 servidores e idealmente 5 para sincronizar para garantir um domínio de tempo robusto.
Se você escolher alguns servidores de baixo estrato, eles devem estar todos dentro de alguns minutos um do outro (se não melhor) e desde que estejam configurados corretamente, você não precisa se preocupar. Se seus requisitos aumentarem e você precisar sincronizar mais máquinas, poderá executar seu próprio servidor para garantir que o que você veicula internamente só venha de uma fonte de referência de cada vez.