As definições de gui..=... são válidas apenas para a versão da GUI do Vim, GVIM. O esquema cores do wombat não contém nenhuma definição de cterm... para terminais coloridos. Há um esquema de cores wombat256.vim, mas isso só tem como alvo terminais que oferecem 256 cores. O prompt de comando do Windows suporta apenas 16 cores, portanto, é inútil. No terminal, você precisa escolher um esquema de cores diferente que forneça definições básicas de cores de terminal; ou seja, ctermfg= no intervalo de 0..15 ou nomes de cores básicos como Cyan ou Red .