Consegui encontrá-lo com uma dica de outro fórum - postando aqui para referência:
Clique na barra de ferramentas superior do Skype for Business
Preferences->Notifications->Notification Preferences
e altere o estilo de alerta do Skype for Business para Nenhum como a captura de tela abaixo. Então, quando uma mensagem instantânea chegar, não haverá pop-up.