Você pode jogar com as permissões assumindo a propriedade e propagando-se pela hierarquia de pastas, mas isso pode ser um processo demorado.
Quando confrontados com circunstâncias semelhantes e estou absolutamente certo é algo que pretendo eliminar, normalmente inicializo o computador utilizando uma das distribuições gratuitas de disco / USB do Linux Live, de modo a ignorar as permissões de NTFS . Algo a considerar.