Deixe-me dizer primeiro que rodar o Fedora como um novato no Linux possivelmente trará a você este incômodo, assim como outras dificuldades em potencial. O Centos 7 pode rodar o GNOME 3 e ainda lhe dará a experiência do tipo Red Hat. O Ubuntu e o Linux Mint também possuem grandes bases de usuários porque facilitam as coisas para iniciantes.
Para o seu problema específico:
O problema é que o Fedora 25 é a primeira distro a rodar o Wayland por padrão. Wayland é (aproximadamente) um substituto para o Xorg. O driver xf86 da Wacom funciona com o driver do Xorg. A Wacom não é totalmente suportada em toda a pilha de entrada no Wayland do Fedora 25. Se você quiser usar o Wacom com o Fedora 25, desative o Wayland.
Veja relatórios semelhantes aqui:
Se você não escolher outra distro, talvez seja necessário fazer uma pergunta à parte sobre a desativação do Wayland. Esta página: link pode dar alguma ajuda a usuários mais avançados sobre como fazer isso.
Atualização: para mudar para o Xorg no Fedora 25 por favor veja este post: