Primeiro, a versão 0.48 é bastante antiga e pode ser uma boa ideia seguir em frente.
Você verificou se é realmente o retângulo que mudou a opacidade? Quando vários objetos são selecionados, é a opacidade média exibida. Desmarque tudo e selecione novamente o retângulo apenas para verificar isso (se estiver em um grupo, Ctrl -clique para selecionar apenas o retângulo).