O Skype tem a tendência de marcar certas chamadas, chamadas perdidas e mensagens de voz como não lidas, após já as vi. Geralmente isso é depois de reiniciar; ele vai voltar e marcar um ou dois dos mais recentes não lidos apenas para que possa ter algo para piscar em mim. Mas às vezes isso acontece mesmo quando está funcionando normalmente. (A mesma mensagem raramente, ou nunca, é marcada como não lida mais de uma vez. Mas não posso ter certeza de que isso nunca acontecerá.)
Estou usando o Windows 10 de 64 bits, mas a mesma coisa aconteceu em uma instalação anterior do Windows 8 de 32 bits.
Este é um problema do lado da Microsoft. Cerca de metade das atualizações resolvem e a outra metade as apresenta. Depois de procurar por um longo tempo no Google, encontrei muitas soluções desatualizadas. Ao usar o Skype Preview e o Skype Desktop, a única coisa que encontrei é marcar uma conversa inteira como não lida, mas isso é exatamente o oposto do que precisamos aqui.