Por processo de eliminação & assumindo que é um erro de configuração, em vez de falha do componente ...
... assumindo também que as configurações do monitor não foram alteradas, está correto em esperar um sinal VGA sobre a conexão d-sub.
Se o vídeo onboard não funcionar até que a placa gráfica PCI seja removida, uma possibilidade é que o BIOS tenha sido avisado para usar o PCI como sua saída principal. Apenas reverteria para gráficos internos se a carta desaparecesse.
Ergo - conectando a placa PCI em & o d-sub nos gráficos PCI em vez de onboard deve consertá-lo.