A questão é que muitos "arquivos" listados no WinSxS, e talvez em outras pastas, são realmente hard links, e pode haver vários links para um arquivo, com tamanho de cada um incluído na soma. Aparentemente, o MS ainda não atualizou o Explorer para mostrar o tamanho real de seu conteúdo.
É seguro remover arquivos usando a Limpeza de Disco do Windows. Após a pausa inicial, você precisa clicar em Limpar arquivos do sistema . Se você está disposto a renunciar a ser capaz de reverter para o estado antes de instalar as atualizações, você pode use o utilitário dism para remover ainda mais arquivos.