O problema não está relacionado ao tipo de dados. É devido ao fato de que ScatterPlots não são suportados para Tabelas Dinâmicas, o que significa que você pode obter apenas um gráfico de linhas simples, que tem um comportamento completamente diferente do que o ScatterPlot que você criou manualmente.
A solução é criar um gráfico de dispersão em branco (ou usar aquele que você criou manualmente) e, em seguida, reposicionar a série do gráfico de dispersão existente aos dados da Tabela Dinâmica.