Como já foi dito nos comentários, os atalhos não podem manipular variáveis.
Você pode criar um script em lote ( script.cmd ), que recebe um argumento e invoca o Cygwin.
C:\cygwin64\bin\mintty.exe /usr/bin/bash --login "/cygdrive/c/cygwin64/echo.sh" %1
Você também pode arrastar e soltar um ícone para seu script.cmd e ele recebe o caminho do arquivo descartado como um argumento. Você tem que cuidar do Windows < - > Traduções de caminho do Cygwin ( cygpath ) no entanto.