Eu consegui escrever um script que funciona para mim:
cd C:\...\Mother_folder
FOR /D /r %%g IN ("*") DO (
pushd %%g
FOR /R %%f IN (*.gz) DO (
"C:\...-Zipz.exe" e -o%%g %%f
)
popd
)
Faz o loop através de todas as subpastas da pasta mãe e as usa como diretório atual a cada vez: pushd %% g.
Em cada uma das subpastas cada arquivo * .gz é extraído no diretório %% g current e o loop é movido para a seguinte subpasta para procurar outros arquivos * .gz para extrair.
Se você quiser modificar a localização dos arquivos extraídos, você pode alterar o -o %% g para -o %% C: .. \ directory_you_want