Eu descobri as duas fontes do meu problema. Primeiro, eu uso o Launchy, que é ativado com alt-space. O segundo botão xarcade é por padrão "alt" e o terceiro botão xarcade usa espaço. Então, pressionando ambos, ativa o launchy na área de trabalho. Eu posso apenas sair do launchy antes de começar o M.A.M.E. para resolver esse problema.
O outro problema que acontece é a rotação da tela. Os botões 1 e 2 são controle e alt respectivamente, e o joystick é mapeado para as teclas do cursor. Vou apenas remapear o "botão um" padrão do Mame para ser outra chave não usada além do "controle" e remapear no Xarcade para combinar. Isso resolverá os dois problemas de uma só vez.