A saída do console é a de "erro". A saída de ffmpeg parecia ser canalizada. Seu processo de leitor pode estar preso.
Você pode ler uma resposta validada para o artigo do SO (c #) se estiver usando vários canais. Resumidamente, você pode experimentar um deadlock ou full-pipe-buffer (então deadlock ...).
Como a entrada não é em tempo real, um arquivo temporário pode contornar esse problema.