No terminal, primeiro mude para
cd
cd Library/Mail/V3/
então você tem que mudar para o diretório da sua conta de e-mail, isso pode ser algo como IMAP-user @ host . Neste diretório existem subdiretórios com a extensão .mbox, para INBOX , Lixeira ou qualquer pasta que você tenha criado. Dentro destas pastas você encontra uma pasta com algum nome UUID e uma pasta Data . Então, para o INBOX no meu host eu acabo com:
/Users/Username/Library/Mail/V3/IMAP-mail@usermailhost/INBOX.mbox/8E161FF7-2EA5-49DE-B2CB-221305BA3488/Data
Nesta pasta existem subpastas nomeadas Mensagens e 0 ... 9 (e elas têm novamente subpastas), mas estas contêm os arquivos * .emlx que são os correios reais.
Para encontrar um e-mail real, você pode executar a partir desse diretório algo como
find . -name \*.emlx -exec grep -i "searchstring" {} \; -print
Depois de identificar o e-mail, você pode excluir o arquivo. Depois disso, eu iria para Mail.app, selecione a caixa de correio e no menu da caixa de correio, selecione reconstruir.
E: faça uma cópia de segurança dos seus dados antes de o fazer por sua conta e risco.