Se você copiar o arquivo do Windows para o Linux, talvez seja necessário usar um utilitário como flip para converter o seu formato. Isso nem sempre é necessário. Vai depender do que você está usando para abrir o arquivo. Alguns programas do Linux podem abri-los bem e outros não. Se você abri-lo e ele não está formatado corretamente, use flip e ele mudará a linha, terminando os caracteres e corrigindo-os.