Da minha experiência, tem a ver com a formatação dentro do Excel que os arquivos CSV não suportam. Isso inclui largura de coluna, formatação de data e formatação de texto.
Não tenho certeza se há uma opção de configuração para isso, pois parece ser uma maneira de corrigir isso, pois ter o arquivo aberto no Excel adiciona essas opções de formatação ao arquivo temporário que o Excel usa antes de gravar no arquivo final .