O CentOS é uma distribuição Linux baseada na Red Hat e, como tal, não pode executar diretamente um script em lote do Windows. Você terá que convertê-lo para um formato que seja executável pela distribuição. Um exemplo poderia ser um script bash e poderia ser assim:
#!/bin/bash
cd ~/Documents
echo Current Directory = $(pwd)
read -p "Please insert domain name?" folder
if [ ! -d "$folder" ]; then
mkdir $folder
cd $folder
touch CSR.txt
touch KEY.txt
vi CSR.txt
vi KEY.txt
else
currentDate=$(date +%F)
mkdir $currentDate
cd $currentDate
touch CSR.txt
touch KEY.txt
vi CSR.txt
vi KEY.txt
fi
O script acima encurta a currentDate
para ser apenas a data no formato AAAA-MM-DD.
Dependendo do seu objetivo real, é aconselhável colocar muito mais trabalho nele. Você está criando um arquivo de texto CSR e KEY que sugere que você quer fazer algo ao longo das linhas de configuração de uma CA? Há muito o que levar em consideração com isso e estaria fora do escopo da sua pergunta, mas você realmente precisa ler sobre isso!
Além disso, fiz uma sugestão de mudança para o seu post inicial. Você fez algumas coisas realmente divertidas com a sua edição e sua indentação estava em todo lugar. Em stackexchange é geralmente suportado para prefixar um espaço / tab para marcar um bloco como código. O que neste caso realmente ajudaria.