Você tem que reconstruir seu mbr. Para fazer isso, você precisa de um disco de instalação do Windows. Inicialize a partir desse disco e vá para o prompt de comando. No prompt de comando, digite:
bootsect /nt60 drive_letter: /mbr
isto corrige o registro de inicialização da partição mapeada para "drive_letter:" e o MBR do disco onde a partição está localizada.
C:\Windows\system32>bootsect
bootsect {/help|/nt60|/nt52} {SYS|ALL|<DriveLetter>:} [/force] [/mbr]
Boot sector restoration tool
Bootsect.exe updates the master boot code for hard disk partitions in order to
switch between BOOTMGR and NTLDR. You can use this tool to restore the boot
sector on your computer.
Run "bootsect /help" for detailed usage instructions.