1.
As opções de menu não são "atalhos", elas são baseadas em arquivos *.desktop especiais (que também especificam os tipos de documentos que podem ser abertos e outras informações sobre um aplicativo). Parece que nenhum arquivo * .desktop é fornecido para scid (ou não inclui as informações necessárias para um item de menu) e, como resultado, o sistema de menus não sabe sobre isso.
Se você quiser que um item de menu seja mostrado automaticamente após a instalação, o melhor que você pode fazer é registrar um bug sobre ele, e se você quiser ajudar você também pode fornecer um arquivo * .desktop, ou melhor ainda debdiff, como um anexo ao relatório de bug. Além disso, pedir ao autor do upstream para fornecer um arquivo * .desktop ajudaria no futuro.
(Se você quiser saber como criar um arquivo * .desktop e / ou um debdiff, talvez faça perguntas separadas sobre isso; assim será mais fácil encontrá-lo no futuro.)
2. Isso parece uma limitação que o autor do programa é responsável. Você pode tentar entrar em contato com o autor e perguntar se ele quer mudá-lo (ou porque não).