Eu descobri uma solução alternativa.
adicione
export HOME='C:\path\to\your\custom\home\'
até o final do seu arquivo .bashrc.
depois, na inicialização do ConEmu > environment add
set HOME=\path\to\your\bashrc
Basicamente, você está configurando seu diretório inicial por tempo suficiente para que o bash possa ler no bashrc e depois mudar para o diretório do projeto.