Você pode fazer isso no Excel ou no AutoHotkey ... O Excel pode ser mais fácil, pois você já teria o texto em colunas e poderia usar o VBA.
Você precisará usar três loops ...
Um loop para iterar a coluna, outro loop para iterar nos valores delimitados por vírgula e um terceiro loop para comparar cada valor delimitado com todos os valores da outra coluna.
Este processo de 3 loops aninhados poderia ser colocado em uma função com as duas colunas de entrada para argumentos, depois que você poderia chamá-lo como func (colB, colC) para a primeira comparação e func (colC, colB) para a segunda comparação .