Finalmente, encontrei uma maneira muito fácil de fazer o que estava procurando. Pode-se usar Auto Hotkey e um script como este:
Space::
KeyWait, Space, D
ControlSend,, {Space}, Netflix - Mozilla Firefox
ControlSend,, {Space}, Penguin Subtitle Player - Penguin Subtitle Player
Return
Isso enviará a chave "Espaço" para os dois aplicativos, fazendo com que eles parem (isso ocorre porque cada um desses aplicativos tem um atalho de teclado para pausar o vídeo e essa tecla é "Espaço"). É claro que é possível modificar isso alterando a chave e o título das janelas a serem controladas.