Convertendo de volta do PDF para TIF ou JPG, o arquivo final é renderizado na tela com as mesmas cores que o original, então acho que isso é apenas um problema de renderização.
Uma resposta melhor fornece insights sobre por que os visualizadores de imagens e os visualizadores de PDF seguem convenções diferentes e confirmam ou acreditam que essas convenções são seguidas por todos ou pela maioria dos programas. Não há tempo para cavar ainda mais agora, mas para os registros Especificações do PDF (seção 8.6 Color Spaces, p.138) pode provavelmente ajudar.