Aqui está um script de trabalho fazendo o que eu queria:
<?php
$old_path = getcwd();
chdir('/var/www/html/SOKHJALPMEDEL/');
$term1 = $_POST['query1'];
$term2 = $_POST['query2'];
ob_start();
echo "{$term1} {$term2}";
$var = ob_get_clean();
$outcome = shell_exec("/usr/local/bin/sokare $var");
chdir($old_path);
echo "<pre>$outcome</pre>";
?>
A chave para obter a funcionalidade que eu estava procurando é este trecho de código:
ob_start();
echo "{$term1} {$term2}";
$var = ob_get_clean();
Isto cria a variável $ var que é usada como o argumento $ 1 e $ 2 usado pelo script Bash.
/ Paul