Se você não quiser fade-ins, você não precisa desses filtros.
ffmpeg -i doodle.mp4 -loop 1 -i ban.png -loop 1 -i intro.png -loop 1 -i outro.png -c:a copy
-filter_complex "[1:v]fade=out:st=58:d=0[watermark0];
[2:v]fade=out:st=10:d=0.5[watermark1];
[0:v][watermark0]overlay=(main_w-overlay_w)/2:main_h-overlay_h:shortest=1[tmp0];
[tmp0][watermark1]overlay=(main_w-overlay_w)/2:main_h-overlay_h" doodle2.mp4
Agora, ban.jpg e intro.png só desaparecerão. Note que esse.png não está sendo usado em lugar nenhum.