Eu encontrei uma solução para o meu problema. Primeiro de tudo, há realmente uma maneira de olhar com precisão para o que está acontecendo durante o desligamento. O Windows tem um interruptor para se tornar detalhado! Ativar mensagens de status detalhadas ou altamente detalhadas no Windows 10/8/7
Armado com essa técnica, fiz outra tentativa e descobri que o serviço de política de grupo era responsável pelo problema e, a partir daí, descobri que é mais provável que seja um script de desligamento . E, de fato, eu configurei um script de desligamento alterando algumas chaves de registro há algum tempo. Não sei exatamente qual foi o problema com isso, talvez o Windows tenha adicionado um recurso para que "reg add" estivesse aguardando a confirmação antes de sobrescrever (que nunca veio), mas depois de desabilitar o script, meu problema foi resolvido.
No entanto, ainda é um mistério por que esse problema não ocorreu em "inicialização híbrida". O Windows não executa scripts de desligamento quando a "inicialização híbrida" está ativada? Ou há um tempo limite difícil que não está lá ao fazer um desligamento completo? Misterioso ...