eu fiz
cd dropbox/myfolder
find . -type f -ok rm ../{} \;
find . -depth -type f -ok rmdir ../{} \;
Eu usei -ok em vez de -exex para ser seguro. Fiz o find em duas etapas, para não excluir pastas existentes no zip, mas também já existentes; pastas com arquivos restantes após os arquivos descompactados incorretamente removidos não devem ser excluídos.